إن الهدف من المعهد إيجاد جيل من القراء يقوم على أساس من العلم والدراسة المتخصصة على يد خبراء متخصصين، كما أن الفكرة في أساسها خدمية وليست استثمارية. دائمًا ما يردد القارئ الدكتور/ عبد الفتاح الطاروطي: ليفهم الجميع أننا لا نبحث عن دنيا، وإنما يكفيني – لو كنا نريد أن نقول إننا في مجال التنافس بين القراء القدماء والجدد أو بين زملائي – أنني صنعت عملاً لم يقُم به قارئ قبلي، والأكثر من ذلك أنه في كل مكان يوجد التنافس والغيرة والحقد، وأنا بهذا العمل أنتصر على نفسي وعلى هواي وعلى شيطاني، وأضع بذرة تنبت وينتج عنها خير كثير أجني ثمرته حتى وأنا بين يدي الله سبحانه وتعالى، مشيرًا إلى أن المعهد أعد خطة على أساس علمي، تستهدف على سبيل المثال تخريج من كل 50 دارسًا 10 قراء متميزين، وبالتالي على مدى 10 سنوات نستطيع أن نقدم لمصر ١٠٠٠ قارئ على أساس من العلم والخبرة يستطيعون أن يحتلوا مكانة متقدمة بين أهل القرآن الكريم، ويمثلوا مصر في المسابقات الدولية خير تمثيل.

ونظرًا لأن القارئ يجب أن يعد إعدادًا نفسيًا وبدنيًا تولد عن ذلك شقان، الأول وهو مادة آداب وأخلاق تلاوة القرآن الكريم والتي تهدف إلى تعريف القارئ بالرسالة المكلف بها، وليس مجرد إعداده لامتهان مهنة فحسب، وأن يعرف قيمة القرآن الكريم الذي يقرأه، والسلوكيات التي يجب اتباعها حتى يعرف من خلاله سمت القرآن الكريم وآدابه ووقاره، أما الشق الآخر فيتعلق بالجانب البدني متمثلًا في إشراف طبي تحت رعاية العديد من أساتذة الطب الكبار في تخصصات الأنف والأذن والحنجرة وأمراض الصدر.